Мисијата на ЦЕПAК е преку високо квалитетни истражувања и предлози за политики и економски теми да обезбеди основа за креирање на јавната свест, понуда на перспективи и решенија, насочена кон носителите на одлуки и пошироката јавност. Преку советите за јавни политики, консултантски услуги и обуки, ЦЕПAК има за цел да понуди одговори за новите политички, економски, безбедносни, геополитички и општествени предизвици, како и да влијае врз креирањето на националната перспектива на меѓународната агенда.
Консалтинг услугите имаат за цел да понудат совети и анализи за тековните глобални прашања и улогата на Македонија во глобалната агенда, додека преку обуките MЦЕПAК има за цел да понуди стекнувања на вештини и знаења за справување со современите предизвици и креирање политики на локално ниво.
Нашата мисија е да им обезбедиме на македонската јавност и на политичките институции алтернативни перспективи за прашањата од областа на политика, економијата и нивната интеракција, за постигнување на демократско и просперитетно општество. Нашата работа се базира на универзалните идеали на демократија, индивидуална одговорност, слободен пазар и претприемништво. ЦЕПAК има значајна улога во зајакнување на улогата на граѓанскиот сектор и неговото влијание врз формирањето на националните политики и креирањето на политики насочени кон постигнување на потредните стандарди за Евро- атланската и глобална интеграција на земјава. Преку активности на локално ниво, мисијата на ЦЕПАК е да влијае врз јакнење на капацитетите на локални ентитети (институции, граѓански организации и граѓани) со цел да се зајакнат демократските капацитети на земјата.